Для того, чтобы облегчить конечный файл сборки при портировании в ThinApp можно смело удалить лишние, не влияющие на её работу, папки. Чтобы лучше понять какая папка виртуальной системы соответствует папке в реальной стоит посмотреть таблицу.
Как видно из таблицы из проекта можно смело удалить папку Support, которая не имеет соответствия в реальной системе. Содержащие ярлыки папки %Desktop%, %Common Desktop% и %Common Programs%. Так же связанные с интернетом папки %Cookies%, %History%, %Internet Cache%. В папке %SystemSystem% папку spool, а в папке %ProgramFilesDir% файлы Uninstall. Более продвинутые мастера наверняка найдут еще не мало лишних файлов, новичкам стоит ограничится этими.