Параметр Disabled препятствует генерации ThinApp исполняемого файла в директории bin.
ThinApp использует как точки входа ярлыки на рабочем столе и в Меню "Пуск" установщика приложения. Если Вы не выбираете точку входа, которая появляется в мастере Setup Capture, ThinApp устанавливает начальное значение параметра Disabled, которое во время процесса сборки предотвращает генерацию исполняемого файла приложения.
Пример: Изменение параметра Disabled для генерации точки входа
Если Вы не выбрали диагностируемые во время процесса сборки точки входа cmd.exe, regedit.exe, или iexplore.exe, но впоследствии должны отладить среду, можно изменить параметр Disabled для генерации этих точек входа.
[app.exe]
Source=%ProgramFilesDir%\<my_app>\<app>.exe
Disabled=0
Руководство пользователя.